全基因組關聯分析（GWAS）

在某一群體中，不同座位上某兩個基因同時遺傳的頻率明顯高于預期的隨機頻率的現象，稱連鎖不平衡?(linkage?disequilibrium)?。自然群體中連鎖強度以D’或r²表示，D’或r²越接近于1，代表連鎖關系越強。一般用r²大于0.1的數據作為連鎖不平衡的衰減（LD?decay）的數值，LD-decay越長，代表物種的SNP間發生重組的概率越小，LD-decay越短，代表物種的SNP間發生重組的概率越大。

基于SNP，利用TASSEL軟件的混合線性模型(compressed?MLM)得到關聯值，公式計算為：y=?Xα+Qβ+Kμ+e。其中，通過admixture軟件計算樣品群體結構Q，通過SPAGeDi軟件計算樣品間親緣關系K，X為基因型，y為表型，最終每個SNP位點都能得到一個關聯值。最終將性狀關聯到基因組XX號染色體上。

基于SNP，利用Haploview單體型預測軟件，預測得到單體型塊(趨向于整體遺傳的基因序列，Block)。Block大小分布體現了在整個基因組范圍內趨向于整體往下遺傳的基因序列的長度，block越小，說明基因組重組越多。

一般情況下，全基因組關聯分析的曼哈頓圖常常與染色體位置、LD-Block圖進行聯合分析，根據顯著關聯的SNP位點確定注釋的染色體區域，同時在該區域進行LD-Block分析，找到與該位點連鎖較強的其他SNP位點，并對其所在的基因進行功能注釋。