生物信息分析常用軟件

可以進行標準分析和個性化分析，其中標準分析包括：差異表達基因分析、基因結構分析、新基因分析等。設定參數后點擊提交進行分析，分析完成后在流程定制頁面下生成標準化

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miRNA的鑒定與預測；miRNA表達量分析；miRNA靶基因預測；miRNA靶基因注釋分類及富集等。設定參數后點擊提交進行分析，分析完成后在基本分析頁面下生成標準化

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差異表達基因分析、基因結構分析、新lncRNA預測及靶基因預測等。設定參數后點擊提交進行分析，分析完成后在流程定制頁面下生成標準化結題報告

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繪圖工具集成了多款數據展示工具，在方便總覽數據的同時，還可調整繪圖、交互查看。目前可繪制圖形：熱圖、韋恩圖、柱圖、餅圖、箱線圖、散點圖、點線圖、面積圖。

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使用矩陣數據文件進行熱圖繪制，可以對矩陣數據進行篩選，歸一化和聚類等處理。多用于不同樣品間基因表達水平聚類分析。

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本工具可對FASTA文件進行提取、合并、切分、統計等操作，適用于不同分析場景，如： 1) 組裝序列的過濾篩選； 2) 基因或其他元件的序列提取； 3) 針對不同軟件的輸入要求

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將xls/xlsx格式的excel文件轉換為tab分隔的文本文件，包含多個sheet的文件，每個sheet都會轉換為一個文本文件，文件名為sheet的名稱。

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對通過與數據庫的比對，對FASTA格式文件的序列進行功能注釋。主要關注Result/Integrated_Function.annotation.xls這個表格和KEEG分析出的代謝通路圖。

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基于局部比對算法的序列比對搜索工具。BLAST程序可根據database和infile文件序列類型自動從四種比對程序（blastn、blastp、blastx和tblastn）中選擇合適的程序。

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對給定的基因集結合注釋信息繪制GO分類富集圖、KEGG分類富集及通路富集圖，計算出基因的P_value和Corrected_P-value，定位基因最可能相關的GO term。

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根據ID列表提取fasta序列：根據給定的序列ID，到目標序列文件中提取出對應ID的序列。注意：ID文件的后綴只能是txt、list、id，且必須為文本文件

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加權基因共表達網絡分析(WGCNA)是一種從表達數據中挖掘基因模塊（module）信息的算法，可以用于分析各種表達譜數據，不僅是芯片數據，還可以用于二代測序數據得到

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數據提取類工具，提取相應ID行信息，是按照輸入文件包含的ID列表從指定的目標文件中提取相應的行。輸入文件只能為Tab分隔的文本文件，不支持excel文件。

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使用MEGA軟件構建進化樹，畫樹輸入文件，Fasta格式，文件名必須要以.fa 或 .fas 或 .fasta 結尾。Align方法，推薦使用Muscle

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分析fasta序列的SSR(Simple Sequence Repeat)標記，用于后續的實驗分析及驗證，主要應用于轉錄本或者Unigene、CDS、EST等序列的SSR標記檢測，及標記結果的引物設計。

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